Główny akcent w działalności Stowarzyszenia spoczywa na formacji, która zmierza do tego, by ściślej wprowadzić członków „Faustinum” w duchowość i misję apostolską Zgromadzenia, by przygotować apostołów Bożego Miłosierdzia do samodzielnego prowadzenia życia wewnętrznego i właściwie pojętej pracy apostolskiej w duchu charyzmatu św. Siostry Faustyny.

Podstawowy program formacyjny trwa 4 lata i obejmuje 3 cykle: biblijny, życia wewnętrznego oraz duchowości i misji św. Siostry Faustyny. I rok – to fundamenty dotyczące tajemnicy miłosierdzia Bożego, istoty życia wewnętrznego i środków prowadzących do jego rozwoju oraz duchowości i misji św. Siostry Faustyny. II rok formacji przebiega pod hasłem: „W szkole ufności”. Trzeci rok to – „Szkoła miłosierdzia”, a IV – „Szkoła współpracy człowieka z Bożym miłosierdziem”. Poszczególne tematy opracowywane są w oparciu o teksty Pisma Świętego, nauczanie Kościoła i „Dzienniczek” św. Siostry Faustyny. Obok konferencji co miesiąc przygotowywana jest także tzw. „Praktyka”, która dotyczy życia wewnętrznego. Idąc drogą wydeptaną przez św.  Siostrę Faustynę,  proponujemy uczestnikom  formacji praktykę  polegającą na łączeniu się z Jezusem mieszkającym w duszy poprzez wybrany akt strzelisty i w określonej intencji, związanej z tematami przerabianymi w programie formacji. W „Praktyce” podawana jest także literatura uzupełniająca tematy konferencji.

Formacja prowadzona jest wspólnotowo oraz indywidualnie. Wspólnotowo – w Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach, w niektórych domach Zgromadzenia Matki Bożej Miłosierdzia oraz w wielu parafiach w Polsce i poza granicami. Formacja wspólnotowa w parafii możliwa jest wówczas, gdy istnieje grupa osób zrzeszonych w stowarzyszeniu „Faustinum” i kapłan  do  prowadzenia  formacji  według  programu obowiązującego w Stowarzyszeniu. Jeśli ktoś nie może uczestniczyć w formacji prowadzonej we wspólnocie, wówczas może ją przerabiać indywidualnie, zamawiając materiały formacyjne w sekretariacie „Faustinum”.

Podstawowy program formacyjny wspierają rekolekcje prowadzone odpowiednio  do  stopnia  formacji, w czasie  których poruszane są tematy z cyklu biblijnego oraz wybrane zagadnienia z cyklu życia wewnętrznego oraz duchowości i misji św. Siostry Faustyny. Proces formacyjny wspomagają także organizowane dni skupienia oraz publikacje książkowe Wydawnictwa „Misericordia” Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia oraz kwartalnik „Orędzie Miłosierdzia”.

Czteroletni program formacyjny  kończy  się  dla członków testem. Członkowie, którzy złożą go z wynikiem pozytywnym, mają prawo do otrzymania odznaki Stowarzyszenia oraz przechodzą na etap formacji permanentnej.

Formacja prowadzona jest aktualnie w języku polskim,  angielskim, niemieckim, francuskim, czeskim i słowackim. Z formacji korzystają też: Słoweńcy, Węgrzy, Hiszpanie, którzy materiały formacyjne tłumaczą na rodzime języki.

Tam, gdzie nie ma sióstr ze Zgromadzenia Matki Bożej Miłosierdzia, za formację odpowiadają kapłani, którzy się zobowiązują do prowadzenia jej zgodnie z programem opracowanym w stowarzyszeniu „Faustinum”.