Za szczególne zasługi dla realizacji celów Stowarzyszenia, Zarząd może nadać członkostwo honorowe (Statut Stowarzyszenia „Faustinum”, § 13).
Honorowymi członkami stowarzyszenia „Faustinum” zostali:
- Metropolita krakowski Franciszek kard. Macharski (od 20 maja 2006 roku).
- Biskup Stanisław Smoleński z Krakowa (od 20 maja 2006 roku).
- Matka M. Paulina Słomka, przełożona generalna Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia w latach 1986-1998 (od 20 maja 2006 roku).
- Biskup Ištvan Katona z Węgier, odpowiadający za stowarzyszenie „Faustinum” w tym kraju (od 4 października 2008 roku).